事故の舞台となったのは、住友金属鉱山の子会社である株式会社ジェー・シー・オー(JCO)の東海事業所だった。ここは核燃料の精製を行うウラン燃料加工施設であり、本来であれば厳重な管理のもとで作業が進められるべき場所だった。
しかし、現場で行われていたのは、正規の手順とはほど遠い裏マニュアルに従った違法な作業だった。効率を優先するあまり、ステンレスバケツを使ってウラン溶液を移し替えるという、あまりにも初歩的かつ危険な操作が常態化していたのである。安全確保のための規定は形骸化し、現場の作業員たちは危険性の本質を十分に理解させられないまま作業を続けていた。