横浜医療センターは、JR東海道線・横須賀線・湘南新宿ラインおよび横浜市営地下鉄ブルーラインが乗り入れる戸塚駅からのアクセスが主要ルートとなります。
公共交通機関を利用する場合、戸塚駅西口バスセンターから神奈川中央交通（神奈中バス）を利用します。「横浜医療センター前」または「横浜医療センター」行きのバスが日中も頻繁に運行されており、乗車時間は通常約15分〜20分です。大船駅西口や藤沢駅北口、立場駅からも直通バスが運行されており、広範囲からの通院に対応しています。
自家用車で来院する場合、国道1号線「原宿交差点」付近の交通量に配慮が必要です。立体交差化により以前のような大規模渋滞は緩和されたものの、朝の通勤ラッシュ時や月曜日の午前中などは病院周辺の進入路が混雑します。外来患者用の駐車場は入庫管理システムが整備されており、受診証明印または駐車券の認証機処理を行うことで外来割引料金が適用されます。認証を忘れて出庫すると一般料金が請求されるため、会計時に必ず駐車券を提示するよう注意してください。
