物語の最終盤、ナウシカとオーマが対峙するのが、トルメキアの聖都シュワにある「墓所」です。このシュワの墓所こそが、旧世界の知識・技術・遺伝子情報を保管し、世界の浄化後に旧人類を復活させるための巨大な生体コンピュータシステムであり、すべての元凶でした。
驚くべきことに、巨神兵と墓所は同じ旧人類のテクノロジーから生まれた表裏一体の存在です。墓所が「旧人類復活のプログラムを管理する頭脳」であるならば、巨神兵は「旧世界を強制終了させ、計画の邪魔になるものを排除する執行者」として配置された手足でした。
墓所の奥深くに鎮座する「墓所の主」は、自らを神と呼び、ナウシカに対して「世界再構築の正当性」を説きます。しかし、命を都合よく改変・管理しようとする旧人類の傲慢さに激怒したオーマは、ナウシカの意志に従い、自らの生みの親とも言える墓所を怪力と光線によって粉砕。神を騙るシステムを叩き潰したオーマは、すべての役目を終え、ナウシカに看取られながら静かにその巨体を大地へと横たえました。
