この事案において最大のミステリーとして議論を呼んでいるのが、失踪場所の近辺で男児の靴が発見された点です。靴が見つかった場所は、通常であれば幼児が靴を脱いで歩行するとは考えにくい足場の悪い環境でした。この靴の発見状況を巡り、専門家や捜査関係者の間でも複数の仮説が立てられています。
第一に考えられるのは、河川やぬかるみに足を取られ、脱げてしまった靴を放置してそのまま進んでしまった自発的事故の可能性です。しかし、脱げた靴の向きや置かれていた状態に不自然な点があったとされる情報もあり、「何者かが意図的に靴を脱がせたのではないか」「連れ去りの痕跡を偽装するために現場へ置かれたのではないか」という第三者関与の疑念も完全には払拭されていません。履物を失った状態で歩行できる距離には身体的な限界があるため、靴の発見位置は行動範囲を割り出す最重要の手掛かりでありながら、同時に謎を深める要因ともなっています。