国民生活センターの報告に続き、法的なメスを入れたのが消費者庁でした。2017年3月、消費者庁は水素水販売業者3社に対し、景品表示法違反（優良誤認）に基づく措置命令を発令しました。
これらの業者は自社サイトやチラシにおいて、「活性酸素を除去し、あらゆる病気の予防に」「飲むだけで痩せるダイエット効果」などと標榜していました。しかし、消費者庁が求めた合理的な根拠を示す資料の提出に対し、十分なエビデンスを提示できませんでした。この行政処分により、「水素水＝法的に根拠が認められていない過大広告商品」というイメージが決定づけられ、大手流通チェーンやドラッグストアは取り扱いを一斉に縮小する事態へと発展しました。
