本作の物語は、普段は心優しく気弱な高校生・不破耕助（堂本光一）が、危機に直面するとIQ300を超える冷酷かつ超人的な頭脳を持つ別人格「銀狼」へと覚醒し、学園や街で発生する怪奇事件のトリックを暴いていくサイエンス・サスペンスです。
「俺に不可能はない」という決め台詞とともに銀狼が提示する解決法は、オカルト現象に見える怪異を物理学・化学・心理学のトリックとして論理的に解明するものでした。視聴者を恐怖のどん底に落とした「首なしライダー事件」ではピアノ線を用いた物理的切断トリックが、「ポルターガイスト事件」では低周波音による共振現象が暴かれるなど、知的好奇心を刺激する謎解きが展開されました。
物語のクライマックスとなる最終章では、耕助の出生の秘密と銀狼の誕生理由が明かされます。耕助はかつて脳手術によって「二つの脳（通常脳と超頭脳）」を移植された被験者であり、銀狼の存在そのものが実験の産物でした。さらに、銀狼と対をなす悪の天才人格「金狼（ゴールドウルフ）」が暗躍。その正体は、耕助の無二の親友として寄り添っていた薬師寺力（三宅健）でした。
最終回では、哀しい宿命を背負った二人の頭脳戦が繰り広げられます。力は自らの歪んだ運命に絶望しながら散り、銀狼もまた耕助の命を守るために自らの人格を消滅させる道を選びます。事件解決後、銀狼という卓越した頭脳を失いながらも、人間としての温かさと平和な日常を取り戻した耕助の姿が描かれ、切なくも美しい余韻を残して幕を閉じました。
