コナンのサイズ感は、特定のキャラクターとの距離感や関係性によっても巧みに描き分けられています。特に顕著なのが、毛利蘭および灰原哀との並びです。
毛利蘭の身長は公式に明言されていませんが、高校生女子の体格や新一との並びから推定160〜165cm前後と考えられています。本来の比率であれば、コナン（102cm）の頭頂部は蘭の腰骨から太ももの上あたりに来るのが自然です。日常シーンではこの自然な比率で描かれることが多い一方、蘭に甘えたり保護されたりする場面では、より小さく愛らしいサイズ感へと変化します。
一方、同じくAPTX4869で幼児化した灰原哀の公式設定もコナンとほぼ同等の体格です。少年探偵団（歩美・光彦・元太）のメンバーと並ぶシーンでは、子供同士の等身バランスが極めて正確に保たれており、おかしな縮尺になることはほとんどありません。つまり、「子供同士の世界」を描く際には等身大のリアルな比率が守られ、「大人と子供が交錯する世界」を描く際にのみ、演出としてのデフォルメが発動するという明確な使い分けが存在します。
