運賃をお得に抑えるための知る人ぞ知るノウハウも存在する。一般的な割引きっぷやWeb割はもちろんのこと、地域の観光キャンペーンと連動した企画乗船券や、島内の周遊バス・レンタカーとセットになった特別パッケージなど、インターネットの一般的な検索では見落としがちな割引手段が用意されている。窓口や地元旅行代理店、あるいは観光協会の特設窓口でのみ案内される限定割引情報は見逃せない。
また、複数人でのグループ旅や往復利用で適用される運賃割引、さらには島前3島を往復する内航船との乗り継ぎ割引など、条件を満たせば想定以上のコストカットが可能だ。浮いた予算で現地の採れたて海鮮グルメを堪能したり、アクティビティをグレードアップさせたりと、旅の楽しみは一段と広がる。