全国調査や報道各社の取材データによれば、子ども食堂の数は都市部に集中し、人口の少ない町村部では拠点そのものが少ない。移動手段の乏しい地域では、必要とする家庭ほどアクセスできないという地域格差が年々鮮明になっている。逆に、都市部では「利用者が増えすぎて定員を絞らざるを得ない」という過密問題も起きている。
栄養面では、食事の内容が団体の力量によって大きく左右される。寄付食材に依存する食堂では、炭水化物中心のメニューになりがちで、栄養バランスの確保が長年の課題とされてきた。近年は管理栄養士や大学生ボランティアが献立づくりに参加する例も増えており、改善の動きはあるものの、依然として運営者任せの部分が大きい。
ボランティアの担い手も高齢化が指摘されている。調理担当者の平均年齢が60代以上という団体は珍しくない。学生や現役世代の参入は増えているが、単発参加が多く、継続的な運営ノウハウの継承が難しい。運営者からは「人が足りないのではなく、責任を持って続けてくれる人が足りない」という切実な声が聞かれる。
