理研のトップマネジメント層に対する報酬額も、文部科学省所管の独立行政法人として毎年透明性高く開示されています。理化学研究所の役員報酬や理事長の年収は、年間で約2,100万〜2,400万円規模です。理事クラスでも約1,600万〜1,900万円となっており、国の研究機関の長として相応の評価が設定されています。
他の国立研究開発法人との給与水準の比較を行うと、産業技術総合研究所（産総研）や物質・材料研究機構（NIMS）、科学技術振興機構（JST）などと並び、理研はラスパイレス指数（国家公務員を100とした場合の給与水準指数）で常に上位グループに位置しています。民間大手メーカーの研究職と比較しても遜色ない給与体系が整えられていると言えます。
