指導者としての権藤氏のキャリアにおいて、最大のハイライトと言えるのが1998年の横浜ベイスターズ監督就任と日本一です。前年までバッテリーコーチ等を務めていた権藤氏が監督の座に就くと、チームは爆発的なシナジーを生み出しました。
当時の横浜は、切れ目のない連打で相手投手を圧倒する「マシンガン打線」が猛威を振るいましたが、チームの真の屋台骨となったのは権藤監督が整備した投手陣の整備と徹底した役割分担でした。特に抑えのエースである佐々木主浩投手との関係性は、プロ野球史に残る理想的な師弟関係として語り継がれています。
「どんなピンチであっても、同点かリードの場面で9回頭からしか佐々木は使わない」「複数イニングは跨がせない」という鉄のルールを自らに課し、守護神のコンディションを死守しました。首脳陣の都合で投手を使い潰さないという揺るぎない方針に、佐々木投手も圧倒的なセーブ率で応え、絶対的守護神「ハマの大魔神」として君臨。横浜ベイスターズは38年ぶりとなる悲願のリーグ優勝と日本一を成し遂げ、日本中に熱狂を巻き起こしました。