一方のNGT48は、事件後にグループの存続をかけた大規模な組織改革を余儀なくされました。運営母体であったAKSはAKB48グループの事業再編を実施し、社名を「株式会社Vernalossom」に変更。国内各グループの運営権をそれぞれ別会社へ完全独立・分離させました。
NGT48の運営は新設された「株式会社Flora（フローラ）」へと移管され、コンプライアンス管理体制やメンバーの安全確保マニュアルの徹底的な見直しが図られました。事件当時から在籍していたメンバーの卒業が相次ぐ中、3期生や4期生といった新世代メンバーの加入が進み、世代交代が進行しています。
かつてのような地上波全国ネットでの大々的な展開や大型タイアップは限定的であるものの、劇場公演を中心とした地元密着型の活動を地道に継続。失われた社会的信用をゼロから取り戻すべく、ファンとの安全な距離感を保ちながら再出発に向けた歩みを続けています。
