歴史ある山間の小駅でありながら、JR東日本が誇る最高峰フラッグシップトレイン「TRAIN SUITE 四季島」の停車駅に選定されている点も見逃せません。四季島の運行ルートでは姨捨駅での夜景観賞がハイライトのひとつに位置づけられており、ホーム上には乗客専用の展望ラウンジ「更科の月」やバーカウンターが整備されています。
一般の旅行者にとっても、姨捨駅を訪れる観光列車の選択肢は豊富です。長野〜松本間を走る人気のハイブリッドリゾート列車「リゾートビューふるさと」は姨捨駅で一定の停車時間が設けられており、乗客がホームに出て雄大な景色や記念撮影をゆったり楽しめます。また、夜景観賞に特化した臨時快速「ナイトビュー姨捨」なども季節に応じて運行され、車窓観光の魅力を存分に引き出す特別な鉄道旅が提供されています。