豊かな大自然に囲まれているからこそ生じる課題が、鳥獣被害と野生動物の市街地出没です。豊後大野市の熊・害獣目撃情報では、主に山林地帯や農地周辺におけるイノシシやニホンシカ、サルによる農作物被害の報告が多数を占めています。
九州本土においてはツキノワグマの公式な生息確認は極めて稀であるものの、祖母・傾山系に近接する奥深い山間部では、ハイカーや林業関係者からの「大型野生動物の目撃情報」が寄せられるケースが時折生じます。これらについては市農政課や猟友会が速やかに現地調査を行い、痕跡や自動撮影カメラの映像からアナグマや大型のイノシシであると特定するなど、迅速な情報公開で市民の不安解消に努めています。
市ではICTを活用した捕獲檻の導入や、侵入防止柵の設置補助金を拡充しており、地域ぐるみでの害獣対策を推進しています。山間部に入る際は、ラジオや鈴など音の出るものを携帯し、不用意な遭遇を避ける自衛策が推奨されています。