東京シティ・バレエ団が強固な基盤を維持し続けている背景には、次世代の才能を育てる附属アカデミー（東京シティ・バレエ団アカデミー）の存在があります。幼児からプロ志望のユース世代まで、年齢と習熟度に応じた一貫教育カリキュラムが整えられています。
アカデミーの月謝設定は、週の受講回数やクラス階級によって異なりますが、一般的なクラシックバレエ教室の相場（月額1万〜3万円前後）に準じた現実的な価格帯に設定されています。団員経験者や現役ダンサーが直接指導にあたるため、プロの現場直結の技術指導を受けられる点が最大のメリットです。
優秀な生徒にはカンパニーの『くるみ割り人形』子役出演や、特待生制度、さらには団への昇格ルートが用意されており、国内でも屈指のプロ輩出実績を誇る育成機関として信頼を集めています。
