延久の荘園整理令が過去の命令と決定的に異なっていたのは、理念の掲出にとどまらず、不正を物理的に暴く専任の行政執行機関「記録荘園券契所（記録所）」を太政官の内部に立ち上げた点です。
それまでの改革が失敗した原因は、調査を現地の「国司（受領）」に丸投げしていたことにありました。地方官である国司が、中央の最高権力者である摂関家や有力寺社の荘園を差し押さえようとすれば、解任や左遷の報復を受けるのが落ちでした。そこで後三条天皇は、地方での現地調査を禁止し、全国の荘園領主に対して「所有権を証明する証拠書類（券契）を都の記録所へ持参させ、中央で一括審査する」という前代未聞のシステムを導入したのです。
延久の荘園整理令における審査基準は、極めて具体的かつ容赦のないものでした。
- 新立荘園の原則廃止：1045年（寛徳2年）以降に新設された荘園は、原則としてすべて無効・没収とする。
- 証拠不備の排除：1045年以前に成立した荘園であっても、正式な公認文書（太政官符や民部省符）を所持していないもの、または申請内容と実際の敷地に不一致があるものは没収する。
- 国務妨害の禁止：正当な証拠があっても、公領の境界を侵奪したり国務を著しく妨げたりしている荘園は整理・停止の対象とする。
記録所の長官や判官には、中立的な学者貴族や実務官僚が抜擢されました。特に重用されたのが、当代随一の学者として知られた大江匡房や、公正無私な行政手腕で知られた源経信らです。彼らは藤原氏の顔色をうかがうことなく、冷徹に「書面上の法的有効性」だけを追求しました。この書類主義・証拠主義の徹底こそが、不正な荘園を逃れられなくした最大の勝因でした。
