天候に左右されずに東京湾の豊かな自然を学べる屋内施設として、園内に併設されたふなばし三番瀬環境学習館の見どころは多岐にわたります。「知る」「考える」「やってみる」の3つのゾーンで構成され、参加体験型の展示が充実している点が特徴です。
館内では、三番瀬に生息するカニやトビハゼ、水鳥たちの生態を巨大なタッチパネルやプロジェクションマッピングを駆使して直感的に学べます。特に子どもたちに人気なのが、干潟の生きものを模したデジタルゲームや、実際に三番瀬の泥や生物に触れられるワークショップです。屋外レジャーの合間の休憩スポットとしても機能しており、大人から子どもまで知的好奇心を刺激される空間として高い評価を集めています。