下処理を終えたら、マゴチの独特な骨格に合わせた三枚おろしへと進みます。アジやタイのような側扁形（体高が高い魚）とは異なり、マゴチは縦扁形（上から押しつぶされた平たい形状）をしています。中骨が水平方向に広がっており、通常の魚と同じ感覚で刃を入れると背骨に身が大量に残ってしまいます。
まずは頭の落とし方から解説します。胸ビレと腹ビレの後ろを結ぶラインに沿って、両面から斜めに包丁を入れます。この際、マゴチの頭骨は非常に硬いため、無理に骨を断ち切ろうとせず、骨の継ぎ目（関節部分）に刃先を滑り込ませて首の骨を外すのがプロの技術です。
頭を落とした後の三枚おろしの手順は次の通りです。
1. 腹側の切開と内臓除去：肛門から頭側へ包丁を入れて内臓を取り出し、血合いを歯ブラシ等で綺麗に洗い流して水気を拭き取ります。
2. 背側からのアプローチ：背ビレのすぐ脇に浅くガイドラインを入れ、中骨の平らな面に刃先を這わせるようにして中央の背骨まで切り進めます。
3. 腹側の切り込み：魚体を反転させ、腹側からも同様に中骨をなぞるように刃先を入れます。
4. 身の切り離し：尾の付け根に刃を通し、背骨の上を水平に滑らせながら一気に上身を外します。反対側の身も同様の手順で行います。
三枚おろしの最大のコツは、「包丁の刃先が平たい中骨をカリカリと擦る感触を指先で感じながら進めること」です。刃を立てすぎず、寝かせ気味にコントロールすることで、無駄のない綺麗なサクが取れます。
