現在、外務省およびデジタル庁の連携により、パスポート電子申請の運用が広く普及している。マイナンバーカードとスマートフォンを所有しているパスポート申請者であれば、わざわざ平日に窓口へ出向いて申請書を提出する必要はない。政府が運営するマイナポータルにログインし、画面の指示に従って必要情報を入力・顔写真と署名を撮影・アップロードするだけで申請手続きが完結する。
電子申請の最大のメリットは、窓口へ行く回数が「受け取り時の1回だけ」で済む点にある。また、交付手数料の支払いにクレジットカード決済が選択できるようになったことも利便性を大きく高めている。ただし、新規申請の場合や氏名変更を伴う場合は、マイナポータルでの申請完了後に戸籍謄本を簡易書留等で郵送、あるいは窓口へ持参・郵送指定する必要がある点には留意が必要だ。
また、スマートフォンのカメラで撮影する顔写真データが規格から外れていると、システム上で再提出の通知が届き、審査プロセスが一時停止してしまう。デジタル申請であっても写真の厳密な規格要求は変わらないため、背景色のムラやシャドウに細心の注意を払うことが求められる。