近年、研究調査の進展に伴い、通常は立ち入りが制限されている非公開エリアや保存修復の舞台裏に関する新事実が相次いで発表されている。特に最新の3DデジタルスキャンやX線解析技術を用いた調査により、創建当時に施されていた極彩色の文様や金箔の痕跡がより鮮明に解明された。
特別拝観ルートで明かされる秘話によれば、阿弥陀如来坐像の胎内や天井裏には、当時の職人が刻んだとみられる墨書や隠された構造的工夫が残留していた。こうした非公開領域の研究成果は、単なる歴史の保存にとどまらず、失われた平安の色彩感覚を現代に蘇らせる貴重な手掛かりとなっている。