関係者の証言によると、本編ではカットされたものの、物語の解釈を180度変えてしまう重要な「幻の15分」が存在するという。クライマックス直前、主人公が誰もいない放課後の音楽室で静かに佇むシーンだ。当初の台本には存在しなかったこの場面は、現場でのアドリブと是枝監督の突発的なひらめきによってカメラが回された。しかし編集段階で「あまりにも心理描写が鋭利すぎる」との判断から劇中での採用は見送られ、ファンの間で都市伝説のように囁かれることとなった。
また、過酷を極めたロケ現場では、自然光の差し込み方ひとつに数時間を費やす妥協のない画作りが徹底されていた。子役たちの自然な表情を引き出すため、カメラマンは数日間にわたって気配を消し、校舎内を静かに巡回。そうした撮影陣の執念が、緊迫した物語に圧倒的なリアリティを吹き込んでいる。