神仏習合の歴史は、仏教が正式に日本へ伝来した6世紀半ば（古墳時代末期）に端を発します。百済から仏像や教典がもたらされた当初、受容派の蘇我氏と排斥派の物部氏による激しい権力闘争（崇仏論争）が勃発しました。しかし、聖徳太子らの台頭によって仏教の国家導入が決定的となります。
日本人が仏教を受け入れた最初の動機は、哲学的な教義への理解ではありませんでした。仏を「異国の極めて霊験あらたかな神（蕃神＝となりのくにのかみ）」として捉えたのです。この発想の転換こそが、融合への決定的な第一歩でした。
奈良時代に入ると、融合は急速に加速します。疫病の流行や政情不安に怯える当時の人々は、怨霊の祟りを鎮めるための「国家鎮護の力」を渇望していました。ここで生まれたのが、神もまた輪廻の中で迷い、仏の教えによって救済を求めているという驚くべき解釈です。
神社の境内に僧侶が読経するための寺院を建てる「神宮寺（じんぐうじ）」が全国各地に出現したのはこの時期です。神の前で僧侶がお経を上げ、神自身の解脱と地域の平安を祈るという、世界史的にも類を見ない宗教的共生が定着していきました。
