森のようちえんを検討する際、避けて通れないのが運営形態ごとの費用差と、他のオルタナティブ教育との違いです。森のようちえんの多くは認可外保育施設や任意団体として運営されており、公認の幼稚園・認可保育園とは制度上の立ち位置が大きく異なります。
経済面において注目すべきは、国の「幼児教育・保育の無償化」制度の適用範囲です。認可外の森のようちえんでも、自治体から「保育の必要性の認定(新2号・新3号認定)」を受けた家庭であれば、月額最大37,000円の給付対象となります。さらに、長野県や鳥取県をはじめとする自然保育推進自治体では、独自の認証制度を通じて認証園に通う家庭へ月額1万〜2万円程度の上乗せ助成を行うケースが定着しています。入園前には、希望する園が自治体の指導監督基準を満たす証明書を交付されているか必ず確認が必要です。
また、同じオルタナティブ教育として比較されるシュタイナー教育との決定的な違いは「環境の捉え方」にあります。シュタイナー教育が淡い色調の室内や天然木の教具、規則的な生活リズムによって子どもの精神を保護するのに対し、森のようちえんは「雨・風・気温変化・泥・虫」といった予測不能な自然の荒々しさに直接身を置くことで生命力を引き出す点に根本的な思想の違いがあります。