ホテルまほろばの代名詞とも言える大浴場は、地下1階と地下2階に広がり、男女合わせて合計31種類もの湯船が並ぶ日本屈指のスケールを誇ります。登別温泉が「温泉のデパート」と称される由縁をそのまま凝縮した空間となっており、乳白色の硫黄泉をはじめ、食塩泉、単純硫黄泉、酸性鉄泉という4つの異なる泉質を一つの館内で入り比べることが可能です。
特に庭園露天風呂の開放感は秀逸で、四季折々の自然の息吹を感じながら濃厚な源泉に身を委ねる時間は格別です。地下2階の大浴場には滑り台付きの浴槽もあり、大人から子どもまで飽きさせない工夫が凝らされています。大浴場は時間帯による男女入れ替え制が採用されているため、1泊の滞在で両方のフロアをすべて巡るのが定番の楽しみ方です。
宿泊客だけでなく、気軽に名湯を楽しみたい方向けに登別温泉まほろばの日帰り入浴も実施されています。利用料金や受付時間はシーズンやメンテナンス状況によって変動するため、事前の営業確認が推奨されますが、日帰り入浴であってもこの圧倒的な湯めぐりを手軽に体感できるスポットとして高い人気を集めています。