航路の本土側拠点となるのは、新潟県村上市の岩船港（いわふねこう）です。マイカー利用の場合、日本海東北自動車道「神林岩船港IC」から県道を経由して約10分で到着します。公共交通機関を利用する場合は、JR羽越本線「村上駅」から新潟交通観光バスの岩船港行きに乗車するか、駅からタクシーで約15〜20分の距離です。
ドライバーにとって気になる岩船港の駐車場料金ですが、岩船港港湾ターミナル隣接の普通車駐車場は無料で開放されています。数百台規模の収容キャパシティを有しているものの、お盆休みや連休のピーク時には満車に近づくケースが見られます。出航時刻の45分〜1時間前には現地へ到着し、余裕を持った駐車と乗船手続きを行うのが賢明です。
粟島側に到着する粟島港（内浦港）の乗り場ターミナルには、観光案内所、待合所、手荷物預かり所、土産物コーナーが直結しており、下船後すぐに観光をスタートできる機能的なレイアウトとなっています。
