利用者が最も焦るのが、「画面を開いてもオンラインチェックインのボタンが押せない」「エラーコードが表示されて進まない」というトラブルです。取材と現場の声から浮かび上がった、オンライン手続きが弾かれる代表的な原因は以下の通りです。
第一に挙げられるのが、「旅行会社や包括旅行運賃（パッケージツアー）経由の予約」における認証情報の不一致です。JTB、楽天トラベル、じゃらんなどで予約した際、航空会社の予約番号と旅行会社独自の受付番号を混同しているケースが目立ちます。さらに、購入時に氏名カナや年齢が誤って登録されていると、セキュリティ照合でエラーが返されます。航空券番号（13桁）や予約番号（半角英数字6桁）の入力確認が不可欠です。
第二に、「事前座席指定が未完了のまま24時間前を迎えた場合」です。便の予約・購入が済んでいても、座席が1席も割り当てられていない状態では自動的にチェックインを完了させることができません。満席に近いフライトでは、事前に指定できる枠が埋まっていることがあり、この場合はオンライン上で座席マップを開いて空席を選ぶか、当日空港の有人スペシャルアシスタンスカウンター等で調整を受ける必要があります。
第三に、システム上の特別な配慮が必要な搭乗条件です。「3歳未満の乳幼児を連れており、同伴者の膝の上に座らせる座席配置の調整が必要なケース」「車椅子利用など空港スタッフの介助サポートを予約しているケース」「重複予約や同一旅程内に複数の予約が存在するケース」では、安全管理上の理由からオンラインチェックインがブロックされ、空港カウンターでの対面手続きへ誘導される仕様となっています。
