スモーキークォーツとよく比較されるのが、同じ暗色系の水晶である「モリオン（黒水晶）」です。両者は見た目も近いため混同されがちですが、鉱物的な特徴とエネルギーの質には明確な違いが存在します。
最も分かりやすい見分け方は、「光にかざしたときの透明度」です。ペンライトなどの強い光を当てた際、スモーキークォーツは透き通った茶色や褐色として光を通しますが、純粋なモリオンは光をほとんど通さず漆黒を保ちます（光がわずかに透けるものは「ケアンゴーム」と呼ばれ、両者の中間に位置付けられます）。
エネルギー面での違いも見逃せません。モリオンが「強烈な悪意や霊的トラブルを跳ね返す最強の盾」であるのに対し、スモーキークォーツは「ネガティブな気を大地のエネルギーで無害化・吸収し、穏やかな安定をもたらすフィルター」のような働きをします。過剰な刺激を避け、日常生活に馴染む自然な守護を求めるならスモーキークォーツが最適です。
