「約束の木の下を掘ったのに、どれだけ掘っても見つからない」――全国の学校で毎年繰り返されているのが、タイムカプセルの行方不明トラブルです。校庭にタイムカプセルを埋める場所として定番の記念樹の根元や花壇の脇は、数年経つと木の根が予想以上に肥大化し、容器を巻き込んで掘削不能に陥るケースが多発します。
さらに深刻なのが、学校環境の変化です。グラウンドの暗渠排水工事や遊具の移設、耐震補強工事に伴う掘削で、知らぬ間にカプセルが撤去・廃棄されてしまう事故は珍しくありません。当時の担当教諭が転勤し、目印にしていた杭が風化して消失するなど、位置情報の記録が曖昧だったことによる紛失が最大の原因となっています。