縄文人と弥生人の混血の歴史は、地域ごとの遺伝子分布にも興味深いグラデーションを残しています。
東京大学や国立遺伝学研究所などの研究チームによるゲノム解析データによると、「沖縄県」と「東北地方・北海道（アイヌ民族）」に縄文人由来のゲノム割合が高く残っていることが判明しています。これは「二重構造モデル」として知られる人類学の学説通り、大陸からの渡来人がまず九州北部や本州中央部（近畿・中国地方）に上陸し、徐々に混血が広まったため、列島の両端に縄文人の遺伝的特徴が色濃く残ったと考えられています。
一方で、京都府、大阪府、兵庫県、広島県などの西日本エリアでは、弥生人由来の遺伝的要素が非常に高い比率を示します。出身地域によって「周りに濃い顔立ちの友人が多い」「あっさりした顔立ちの人が集まっている」と感じる背景には、数千年にわたる民族移動と歴史の必然が存在しています。
