進路選びで最大の関心事の一つとなるのが学費の問題です。大阪医専の学費は年間約150万〜200万円前後（学科により異なる）となっており、国公立大学と比較すると確かに負担は大きく感じられます。
ただし、この学費には都市型キャンパスの維持費だけでなく、一人ひとりに割り当てられる実習用消耗品費、最先端の医療シミュレーター導入費、外部講師招聘費用などが含まれています。設備投資のスケールは大学病院や先進医療センターに匹敵し、費用対効果の観点から納得して進学する家庭は少なくありません。
さらに、経済的負担を軽減するための大阪医専の奨学金制度も充実しています。日本学生支援機構（JASSO）の給付型・貸与型奨学金はもちろん、提携先の病院・医療機関が学費を肩代わりし、卒業後に一定期間勤務することで返還が免除される「病院奨学金制度」を活用する学生も多数在籍しています。
