土日祝日や大型連休、11月の神在祭期間中は、御朱印所に行列が形成され、待ち時間が30分〜60分以上に達することがあります。特に大型観光バスが到着する午前10時から午後2時半の間は混雑のピークとなります。
混雑を回避する最大の秘訣は、「早朝参拝(朝6:00〜8:00)」の活用です。出雲大社の境内は早朝から開門しており、朝の清々しい静寂の中で本殿前の参拝と御朱印拝受を済ませれば、並ぶことなくスムーズに受領できます。神楽殿の授与所が開く8:30に合わせて境内各所を回ることで、時間を最大限有効に活用することが可能です。