あかつき薬局を支える基盤として、その運営会社や組織体制にも注目が集まっています。運営母体となる法人は、調剤薬局事業を中心に地域密着型のヘルスケア拠点を複数展開しており、「地域医療への貢献」と「患者本位の調剤」を行動規範に掲げています。
組織としての成長に伴い、薬剤師や医療事務を対象とした求人募集も活発に行われています。中途採用や新卒採用においては、調剤スキルの向上はもちろん、在宅医療研修や最新の調剤機器（自動分包機や鑑査システム）を導入した業務効率化など、薬剤師が対人業務に集中できる職場環境づくりが進められています。
ワークライフバランスに配慮したシフト管理や産休・育休の取得実績も整備されており、現場で働くスタッフの定着率の高さが、結果として窓口での質の高いサービス提供へと直結しています。
