技術的な課題以上に過熱しているのが、法哲学や生命倫理における根本的な問いです。現在の医療制度における脳死判定と臓器移植は、「脳の不可逆的な機能停止＝個人の死」という前提の上に成り立っています。この枠組みに脳移植や頭部移植を当てはめた場合、極めて複雑なパラドックスが生じます。
・個人の主体はどちらにあるのか：脳を提供する側が生き残るのか、それとも身体を提供する側が新たな脳を得るのか。法的には「脳の持ち主」がその人物の同一性を保持するとみなされますが、その場合、手術は「頭部移植」ではなく「身体全体の提供を受ける臓器移植」と定義されます。
・生殖機能と遺伝子の問題：ドナーの身体を用いて子どもを作った場合、遺伝学上の親は身体（生殖巣）を提供したドナーになります。生まれてくる子どもの権利や法的な親子関係の整理は現行法では想定されていません。
・医療資源の公平性：巨額の費用と複数の高度医療チームを要する手術が、一部の富裕層による「延命の手段」として独占されることへの倫理的懸念も根強く存在します。
単一の臓器を救命のために移植することと、人間のアイデンティティそのものを別の肉体へ移し替えることの間には、医療倫理上、越えてはならない巨大な一線が存在しているのが現状です。
