自身の個人情報や誤って公開してしまったコンテンツが魚拓に保存されてしまった場合、放置すると半永久的に検索結果へ残り続ける恐れがあります。魚拓を削除したい場合は、各サービスが設けている専用の削除窓口へ申請を行います。
国内サービスの「ウェブ魚拓」では、権利侵害を受けている当事者からの削除要請フォームが用意されています。発信者本人であることの証明や、プライバシー侵害・著作権侵害の根拠を具体的に記載して申請することで、比較的迅速に対応が行われます。また、元サイトのURLに特定の認証タグを埋め込むことで、自動的に魚拓を非表示にするシステムも提供されています。
厄介なのは、海外にサーバーを置く「Archive.today」などのサービスです。管理者が匿名化されていることが多く、明確な削除フォームが存在しない場合や、削除依頼に応じる義務がないとして拒否されるケースが散見されます。このような場合、GoogleやYahoo!などの検索エンジンに対して「検索結果からのインデックス削除申請」を行い、一般ユーザーの目に触れにくくする逆SEO的アプローチが現実的な自衛策となります。
