内堀組の組織構造は、稲川会直系組織および山川一家の重層的な指揮命令系統の中に組み込まれています。初代組長である内堀和也氏が稲川会会長へと就任したことに伴い、組織名や統括体制の再構築が行われ、直参や傘下組織の幹部へと権限の委譲が進められてきました。
組織図における歴代の変遷を見ると、内堀組の屋号を受け継ぐ直系幹部や分派組織が神奈川や首都圏各地に点在しています。傘下には実務を担う若頭、舎弟頭、本部長といった役職が配置され、山川一家本部に連なる幹部一覧の重責ポストを占めてきました。近年は警察当局の取締りを避けるため、ピラミッド型の組織図を極力表に出さず、機動的な小集団による分散管理を敷いている点が特徴的です。
