台風による運行乱れが予想される場合、JR各社は「無手数料での変更・払い戻し」を実施する対象列車を指定します。具体的には、自身が予約していた列車が運休になった場合はもちろん、運行計画に「遅延や運休の可能性がある」と発表された段階で、通常は発生する払戻手数料が全額免除となります。
チケットレスサービス「スマートEX」や「えきねっと」を利用している場合、スマートフォンアプリ上から簡単に手数料なしでの変更や取消が可能です。ただし、紙の切符を駅窓口で購入している場合は、乗車駅から1年以内に最寄りのみどりの窓口へ持参すれば無手数料で返金を受けられます。無理に台風当日に混雑する窓口へ並ぶ必要はありません。