映画の余韻を決定づけているのが、倉木麻衣さんが歌う主題歌『Time after time ~花舞う街で~』です。コナン映画の主題歌ランキングでも常にトップ争いを繰り広げるこの楽曲は、京都の四季の移ろいと、届きそうで届かない切ない恋心を美しく歌い上げています。
映画のエンディングで流れる桜舞い散る実写の京都映像と、倉木麻衣さんの透明感あふれる歌声の融合は、観客の情緒を強く揺さぶります。映画本編の平次と和葉、新一と蘭の心情と歌詞が見事にリンクしており、単なるタイアップ曲の枠を超えて「作品世界の一部」としてファンに深く愛され続けています。