メガヘラクロスが猛威を振るう一方で、対策を怠ればパーティは容易に壊滅する。攻略の鍵となるのは、上からの鬼火や電磁波による機能停止、あるいは先制攻撃技を活かした処理だ。特に素早さ種族値75という弱点を突くことが最大の対策となる。
飛行タイプの「ぼうふう」や「ブレイブバード」は4倍弱点となるため、相手のメガヘラクロスに対して絶大な牽制となる。また、ゴツゴツメットを所持した高耐久物理受けで連続攻撃のダメージを跳ね返す立ち回りも有効だ。メガヘラクロスをどう意識し、どう処理するか――これが最新環境を生き抜くプレイヤーに課された必須課題といえる。