箱根海賊船は、湖の北端に位置する桃源台港と、南端に位置する元箱根港、箱根町港の3拠点を三角形を描くように結んでいます。通常ダイヤでは各港から約30〜40分間隔で出航しており、観光シーズンや週末には増便ダイヤが組まれます。
各区間の標準所要時間は以下の通りです。
・桃源台港 ⇔ 箱根町港：片道 約25分〜30分
・箱根町港 ⇔ 元箱根港：片道 約10分
・元箱根港 ⇔ 桃源台港：片道 約35分〜40分
・湖上周遊（1周）：約70分
定番のゴールデンルートとしておすすめなのは、箱根湯本から箱根登山鉄道、ケーブルカー、箱根ロープウェイを乗り継いで大涌谷を経由し、桃源台港から海賊船に乗って元箱根港へ渡るルートです。元箱根港からは箱根神社の象徴である「平和の鳥居」を湖上から間近に望むことができ、下船後はそのまま神社参拝や杉並木散策へとスムーズに移行できます。
