むじなそばに関して、ネット上や雑学コミュニティでは時折「アナグマの肉が入っているのか？」という誤解が見受けられます。しかし、本物のジビエ肉を使うジビエ蕎麦でない限り、むじなそばに肉類（アナグマ肉）が入ることはありません。
生物学的に見ると、「ムジナ」はニホンアナグマの地方名ですが、日本の民俗伝承では長年にわたりタヌキとアナグマが明確に区別されず、どちらも「むじな」と呼ばれてきました。「同じ穴の狢」という言葉も、アナグマが掘った巨大な巣穴にタヌキがちゃっかり同居する習性から生まれたとされています。
つまり、むじなそばは動物そのものを食べる料理ではなく、「化かし合いの文化」を器の上で表現した純粋なネーミングの妙です。具材の油揚げも、きつねそばのように大きな一枚板のまま乗せる店もあれば、短冊状に刻んで天かすと均等に混ざり合うよう工夫している店もあり、店ごとの設計思想の違いを味わうのも醍醐味のひとつです。
