外交問題や政治的議論において「A級戦犯を分祀（切り離して別の場所で祀る）すれば解決するのではないか」という提案が度々出されます。しかし、靖国神社側は一貫して「分祀は不可能」との立場を崩していません。
分祀ができない主な理由は神道の根幹にある教義にあります。
- 神道の「座」と不可分性：靖国神社の祭神は「御神霊（一つの大きな光）」として合一されており、個別の魂を物理的に取り出して分ける概念が存在しない。
- 信教の自由と政教分離：日本国憲法により靖国神社は民間の一宗教法人であり、政府が合祀や分祀を命令することは政教分離の観点から違憲となる。
神社本庁および靖国神社の見解では、「一度神となった御霊を神社の都合で後から取り消すことはできない」とされており、法義的にも極めて強固な壁が存在しています。
