運営主体は地域によって異なる。自治体が全面的に主催するケース。実行委員会形式で地域団体が連携するケース。NPO法人が中心となるケース。それぞれに利点と課題がある。
資金源も多様だ。自治体からの補助金や助成金が基盤となる場合が多い。しかし近年、公的資金の削減が問題となっている。企業協賛や個人寄付を募る動きも活発化した。クラウドファンディングを活用する音楽祭も現れている。
人件費を最小限に抑える工夫も必要だ。プロの音楽家への謝礼は発生するが、運営スタッフはほぼ全員がボランティア。会場使用料の減免措置を受けている自治体も多い。こうした努力によって、低予算でも質の高い音楽祭が実現できている。