商業的なランドマークが姿を消しても、南千歳駅の乗り換え拠点としての重要性は揺らいでいません。当駅はJR千歳線（札幌〜苫小牧・新千歳空港）とJR石勝線（南千歳〜新得）の分岐点であり、北海道内の鉄道網における中枢神経といえます。
最大の特徴は、新千歳空港駅を発着する「快速エアポート」と、道東方面（帯広・釧路方面へ向かう特急「おおぞら」「とかち」）や道南方面（函館方面へ向かう特急「北斗」）との接続のスムーズさです。多くの時間帯で同一ホームまたは対面乗り換えが可能なダイヤが組まれており、重い荷物を持った旅行者でも階段の上り下りなしでスムーズに列車を乗り継げる配慮がなされています。
