しかし、時代の流れとともに、土浦パルコを取り巻く環境は大きく変化していきます。2000年代に入ると、つくばエクスプレスの開通（2005年）により、土浦駅の利用客数が減少。さらに、郊外型の大型ショッピングモールの台頭や、インターネット通販の普及が、駅前商業施設全体に大きな打撃を与えました。
パルコ自体も、経営不振が続いていたことは否めません。2019年には親会社のJ.フロント リテイリングが、不採算店舗の見直しを発表。その流れの中で、土浦パルコも閉館の対象となったのです。2020年には新型コロナウイルスの影響で一時休業するなど、最終的には2021年2月14日、約40年間の歴史に幕を下ろしました。
閉館前年の状況：コロナ禍とラストイヤー
閉館が発表されたのは2020年9月のことでした。発表後、地元では「最後にもう一度訪れたい」という客が殺到し、閉館前の数ヶ月間は連日のように賑わいを見せたといいます。特に、最終日となった2021年2月14日は、バレンタインデーとも重なり、多くの人が別れを惜しみながら訪れました。
閉館セールでは、長年親しまれてきたテナントが次々と撤退し、館内はどこか寂しげな雰囲気に包まれていました。それでも、最後の日まで営業を続けた店員たちの姿は、訪れた人々の記憶に深く刻まれていることでしょう。
