短期間で成果が出やすいきのこ食だが、実践にあたってはいくつかの留意点が存在する。まず、急激に食物繊維の摂取量を増やすと、体質によっては一時的に便秘や腹部膨満感を引き起こす場合がある。これを防ぐためには、十分な水分補給（1日1.5〜2リットル）が不可欠だ。
厚生労働省が策定する「日本人の食事摂取基準」においても、成人の食物繊維目標量は1日あたり18〜21g以上とされているが、現代人の多くは慢性的不足に陥っている。きのこダイエットはこの不足を補う絶好の機会となるが、過剰な極端食に走るのではなく、1週間経過後もバランスの良い食事の中に適量のきのこを組み込み続けることが、リバウンドを防ぎ太りにくい体質を永続させるポイントとなる。
