臨床の激務と並行して、松井医師は研究者としても国際的に高いプレゼンスを示している。世界的な学術論文データベース（PubMed）を検索すれば、彼が筆頭著者や責任著者を務めた質の高い論文が多数ヒットする。
現在彼が主導している臨床医学研究プロジェクトでは、外科手術と最新の薬物療法を組み合わせた新規集学的治療法の開発が進む。基礎研究の成果を迅速にベッドサイドへ届けるトランスレーショナルリサーチ（橋渡し研究）の現場において、臨床医としての鋭敏な観察眼が遺憾なく発揮されている。データに裏打ちされた知見は、国内外のジャーナルから定期的に引用され続けている。
