清教学園高校の入試難易度は、大阪府内の私立高校の中でも上位グループに位置しています。高校からの外部募集では主にS特進理系コース（偏差値70〜72）とS特進文系コース（偏差値65〜68）の2系統が設置されており、とりわけ理系コースは難関国公立大学医学部や理工系学部を目指すトップ層が集う激戦区となっています。
毎年の入試倍率は1.1倍〜1.3倍前後で推移しているものの、受験層の基礎学力が極めて高いため、見かけの倍率以上にハイレベルな争いが繰り広げられます。合格最低点ボーダーは年度ごとの難易度によって変動しますが、理系コースでは得点率70%〜75%以上、文系コースでも65%前後を確実に確保する学力が求められます。
近隣の公立高校との併願パターンを見ると、S特進理系は三国丘高校・天王寺高校・大手前高校などの文理学科受験者の併願先として選ばれるケースが目立ちます。一方、S特進文系は生野高校、岸和田高校、富田林高校、泉陽高校といった上位公立校の併願校として絶大な信頼を集めています。
