石上布都魂神社の境内は、山麓にある「下宮（拝殿・社務所）」と、山頂に位置する「本宮（磐座）」の2層構造になっています。観光気分で軽装のまま訪れると足元をすくわれるため、実際の登山参道の状況を把握しておく必要があります。
下宮で参拝を済ませた後、本宮へ至る鳥居をくぐると、舗装されていない本格的な山道が始まります。道中は手すりや階段が一部整備されているものの、むき出しの木の根や大小の浮き石が連続する急勾配です。参拝者の標準的な所要時間は片道15分〜20分程度ですが、普段運動習慣がない人にとっては息が切れるタフな道のりとなります。
山道を登りきった先に突如現れるのが、注連縄が巻かれた巨大な磐座群です。樹々の間から吹き抜ける風と、古代から手つかずのまま残された巨石の威容は、登山の疲労を一瞬で吹き飛ばすほどの荘厳さを放っています。足元が滑りやすいため、参拝時は必ずスニーカーやトレッキングシューズを着用してください。
