「さくら」に乗車する際、最も留意すべきなのが自由席と指定席の設備差です。1号車から3号車までの自由席は一般的な新幹線と同じ「2人掛け+3人掛け」の横5列配置ですが、4号車から8号車までの普通車指定席はなんと「2人掛け+2人掛け」の横4列配置となっています。
この横4列シートは、シート幅にゆとりがあるだけでなく、肘掛けに木目調の素材が配され、リクライニングの角度や座面のホールド感も格段に優れています。実質的に他列車のグリーン車に近い快適性を誇りながら、通常の普通車指定席料金で利用できるため、乗車券・特急券の手配時には指定席から席が埋まっていくのが「さくら」ならではの現象です。