金鑚神社を語る上で最大のミステリーであり特徴とされているのが、「本殿が存在しない」という点です。拝殿の奥に進んでも社殿はなく、玉垣で囲まれた「中門」越しに、背後にそびえる神体山「御室山」を直接拝礼する独特の配置が取られています。
本殿が造られない理由は、社殿という人工の建物が成立する以前の「原始神道（山岳信仰・自然崇拝）」の祭祀形態をそのまま現在に残しているためです。古代の日本人は、神は壮大な山や巨石（磐座）、大木などに宿ると信じており、祭りのたびにその神霊を降ろして祈りを捧げていました。
全国を見渡しても、本殿を持たず山そのものを御神体とする神社は極めて稀です。奈良県の大神神社（三輪山）、長野県の諏訪大社上社本宮（守屋山）と並び、金鑚神社は日本古来のアニミズムの面影を今に伝える貴重な遺構として、宗教学や建築史の観点からも極めて高い評価を受けています。
